全基因體定序技術於結核病群聚調查應用與實例
全基因體定序技術於結核病群聚調查應用與實例
結核病是空氣傳播傳染病，阻斷傳播鏈，為結核病防治極重要的關鍵。全球結核病防治已進入基因體分析的世代，透過全基因體定序(whole genome sequencing, WGS)獲得結核菌群的單一核苷酸多型性(single nucleotide polymorphism, SNP)資訊，可補強現有基因分型方法鑑別度的限制。緣此，為強化結核病聚集(cluster)事件監測效能及釐清可能的指標個案，本文敘述利用WGS進行親緣性分析，並整合疫情調查資料，訂定適用於臺灣群聚調查的SNP判定閾值：≤ 5 SNPs為明確流病相關，為必要調查對象；≤ 15 SNPs為極可能相關，視疫情可擴大疫調對象。並依資源及效益，建立群聚(outbreak)事件的實驗室檢驗流程：若由MIRU-VNTR初判為聚集且為特殊重要調查事件，則進行WGS分析。以提供疫情調查佐證，限縮所須疫調範圍，優化結核病聚集監測及群聚溯源，以落實精準結核病防疫的策略目標。
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結核病是空氣傳播傳染病，阻斷傳播鏈，為結核病防治極重要的關鍵。全球結核病防治已進入基因體分析的世代，透過全基因體定序(whole genome sequencing, WGS)獲得結核菌群的單一核苷酸多型性(single nucleotide polymorphism, SNP)資訊，可補強現有基因分型方法鑑別度的限制。緣此，為強化結核病聚集(cluster)事件監測效能及釐清可能的指標個案，本文敘述利用WGS進行親緣性分析，並整合疫情調查資料，訂定適用於臺灣群聚調查的SNP判定閾值：≤ 5 SNPs為明確流病相關，為必要調查對象；≤ 15 SNPs為極可能相關，視疫情可擴大疫調對象。並依資源及效益，建立群聚(outbreak)事件的實驗室檢驗流程：若由MIRU-VNTR初判為聚集且為特殊重要調查事件，則進行WGS分析。以提供疫情調查佐證，限縮所須疫調範圍，優化結核病聚集監測及群聚溯源，以落實精準結核病防疫的策略目標。
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